В годы Великой Отечественной войны осуществлял командование фронтом и армией под псевдонимами Яковлев, Родионов, Морозов. Мужественно сражался при битве за Сталинград. Армия, под командованием Малиновского совместно с другими армиями сумела остановить, а после чего ликвидировать немецкую армию «Дон» под командованием фельдмаршала Э. фон Манштейна, хотевшую осуществить деблокирование окруженной группировке Паулюса.

 Армия под предводительством Малиновского в 1943 году принимала участие в освобождении Ростова и Донбасса, кроме того, принимала активное участие в освобождении от противника Правобережной Украины, уничтожив войска Э. фон Клейста, 10 апреля 1944 года освободили Одессу. Вместе с войсками генерала Толбухина сумели уничтожить южную группировку войск врага, взяв в кольцо 22 немецких дивизии, а также 3-ю румынскую армию при проведении Ясско-Кишиневской операции. В одном из боев Малиновского легко ранили. 10 сентября 1944 года ему присвоили звание Маршала Советского Союза. Войска 2-го Украинского фронта под командованием Малиновского принимали участие в освобождении Румынии, Венгрии, Австрии и Чехословакии. 13.02.1945 штурмовали Будапешт, после чего 9.05.1945 освобождали Прагу. За его выдающиеся победы Малиновского наградили орденом «Победа».

 Начиная с 1945 года Малиновский осуществлял командование Забайкальским фронтом, который осуществил основной удар по японской Квантунской армии на территории Маньчжурии. Войска под его предводительством дошли до дошли до Порт-Артура. Маршал был удостоен звания Героя Советского Союза. За время войны Москва 49 раз салютовала в честь побед Малиновского.

 15 октября 1957 года Малиновского назначили министром обороны СССР. И занимал он этот пост в плоть до конца жизни. Он является автором таких книг: «Солдаты России», «Гневные вихри Испании»; под его руководством были написаны «Ясско-Кишиневские «Канны», «Будапешт — Вена — Прага», «Финал» и прочие произведения. Бронзовый бюст маршала стоит в Одессе. Похоронили его в Москве на Красной площади у Кремлевской стены.

Маршал Р.Я. Малиновский имел:

• 2 Золотые Звезды Героя Советского Союза (8.09.1945, 22.11.1958),
• 5 орденов Ленина,
• орден «Победа» (26.04.1945),
• 3 ордена Красного Знамени,
• 2 ордена Суворова 1-й степени,
• орден Кутузова 1-й степени,
• всего 12 орденов и 9 медалей;
• а также 24 иностранные награды (в том числе 15 орденов иностранных государств). В 1964 году ему было присвоено звание Народный Герой Югославии.