В период с 5 по 9 октября 1941 года Говоров выполняет работы по организации Можайской линии обороны. Приказом Ставки ВГК от 9 октября на Говорова возложены обязанности заместителя командующего войсками данного формирования. 12 октября в связи с вхождением Можайской линии обороны в организационную структуру Западного фронта переведён на пост начальника артиллерии Западного фронта.

 2 января 1942 года Л. А. Говоров за вклад в декабрьское контрнаступление под Москвой награждён вторым орденом Ленина.

 Летом 1942 Говоров проводит подготовку сил фронта (Невская оперативная группа, 55-я армия) к участию в Синявинской наступательной операции. Целью операции были деблокада Ленинграда с суши и срыв готовившейся силами группы армий «Север» операции «Северное сияние» (Nordlicht). К концу сентября стало очевидно, что силы фронтов не в состоянии справиться с задачей по прорыву блокады. 1 октября командование Ленинградского фронта получило приказ Ставки ВГК — отойти на исходные позиции (Невская оперативная группа сохранила за собой Невский пятачок).

 В конце октября Говоров приступает к разработке новой операции. С 25 ноября начинается подготовка частей фронта к предстоящим боевым действиям. 2 декабря план операции, получившей название «Искра», был утверждён ставкой ВГК. Цель операции — встречными ударами Ленинградского и Волховского фронтов рассечь группировку противника в районе синявинского выступа, соединиться южнее Ладожского озера и прорвать блокаду Ленинграда.

 За успех в проведении операции по снятию блокады Ленинграда Говоров 21 февраля был награждён вторым орденом Суворова 1-й степени.

 К 1 марта 1944 года войска Ленинградского фронта в ходе наступления прошли на запад около 220—280 км. В ходе наступления было уничтожено три и разгромлено 23 дивизии противника и почти полностью была освобождёна Ленинградская область и часть Калининской области.

 За достигнутые успехи 18 июня Л. А. Говорову было присвоено звание «Маршал Советского Союза»

 Указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 мая 1945 года Леонид Александрович Говоров был награждён орденом «Победа» за разгром немецких войск под Ленинградом и в Прибалтике.

 9 июля назначен командующим войсками Ленинградского ВО, образованного на основе Ленинградского фронта. С апреля 1946 года — главный инспектор Сухопутных войск. С января 1947 года занимает пост главного инспектора Вооружённых сил СССР, а с 7 июля 1948 года совмещает эту должность с должностью командующего ПВО страны. Под его началом в СССР проводится структурная реорганизация управления войсками ПВО, в частях ПВО принимаются на вооружение зенитно-ракетные комплексы, реактивные истребители, новейшие радиолокационные станции.

 На XIX съезде КПСС в октябре 1952 года избран кандидатом в члены ЦК КПСС.

 С апреля 1953 года назначен на пост главного инспектора Министерства обороны СССР. В мае 1954 года становится первым главнокомандующим Войсками ПВО СССР, назначается заместителем министра обороны страны.

 Умер 19 марта 1955 года в подмосковном санатории «Барвиха». После смерти был кремирован, урна с прахом захоронена в Кремлёвской стене на Красной площади в Москве.