После начала Великой Отечественной войны в июле 1941 года подполковник К. М. Андрусенко назначен командиром 1081-го стрелкового полка 312-й стрелковой дивизии, спешно формирующейся в Актюбинске. С августа 1941 года — в действующей армии, когда дивизия и полк вошли в состав 52-й отдельной армии и заняли оборону севернее Новгорода по рубежу реки Волхов.

 17 октября 1941 года Андрусенко назначен командиром 266-го стрелкового полка 93-й стрелковой дивизии в той же армии. Полк вёл жестокие оборонительные бои, в ходе которых в ноябре 1941 года полковник Андрусенко был ранен.

 После выхода из госпиталя, в декабре 1941 года, назначен командиром 329-й стрелковой дивизии 5-й и 33-й армий Западного фронта.

 В мае 1942 года полковник Андрусенко назначен командиром 115-й отдельной курсантской бригады 5-го гвардейского стрелкового корпуса 16-й армии на Западном фронте. В августе 1942 года бригада была переброшена под Сталинград, включена в состав 62-й армии Сталинградского фронта и участвовала в Сталинградской битве.

 После капитуляции 6-й немецкой армии в Сталинграде полк стал гвардейским и получил наименование 239-й гвардейский стрелковый полк приказом Верховного Главнокомандующего от 1 марта 1943 года. Ещё в 1942 году ему вновь было присвоено звание полковника.

 Во главе этого полка 76-й гвардейской стрелковой дивизии 61-й армии с весны 1943 года Корней Михайлович воевал на Брянском, Центральном, Белорусском фронтах. Участвовал в Курской битве, битве за Днепр, Гомельско-Речицкой наступательной операции.

 Командир 239-го гвардейского стрелкового полка (76-я гвардейская стрелковая дивизия 61-й армии Центрального фронта) гвардии полковник К. М. Андрусенко особенно умело и отважно действовал в битве за Днепр. Преследуя отходящего противника, 27 сентября 1943 года он вывел свой полк на восточный берег Днепра в районе села Редьковка Любечского района Черниговской области. Умело руководил сбором и подготовкой подручных средств, лодок, плотов для переправы. В течение 28 и 29 сентября 1943 года в районе посёлка Любеч Черниговской области с боем переправил на западный берег Днепра на лодках и плотах все подразделения полка. В течение 29 и 30 сентября 1943 года отбил контратаки пехоты и танков противника и прочно закрепился на занятом рубеже. Удержав плацдарм, обеспечил переправу дивизии.

 Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 января 1944 года за мужество и героизм, проявленные при форсировании Днепра и удержании плацдарма гвардии полковнику Корнею Михайловичу Андрусенко присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 1577).

 22 января 1944 года Андрусенко назначается командиром 55-й стрелковой дивизии (61-я армия, 1-й Белорусский фронт), воины которой отличились в ходе Белорусской стратегической наступательной операции «Багратион» (в том числе в Минской и Люблин-Брестской фронтовых наступательных операциях), в Прибалтийской наступательной операции. За Белорусскую операцию дивизия была награждена орденом Красного Знамени.

 В мае 1945 года Андрусенко освобождён от должности, в июне направлен на Дальний Восток, где 3 августа 1945 года назначен командиром 184-й стрелковой дивизии 5-й армии 1-го Дальневосточного фронта.

 В 1946—1956 годах жил в городе Сорочинске Чкаловской области. С 1956 года жил в Киеве.

 Скончался 8 октября 1976 года. Похоронен в Киеве на Лукьяновском военном кладбище.